C'est en 1795, après la disparition des districts, que sont créés les cantons. À l'origine le Haut-Rhin était composé des cantons suivants :
  • canton d'Altkirch
  • canton d'Ammerschwihr, fusionné avec le canton de Riquewihr dans le nouveau canton de Kaysersberg
  • canton de Belfort, transféré dans le département du Territoire de Belfort en 1871
  • canton de Colmar, scindé ensuite en canton de Colmar-Nord et canton de Colmar-Sud
  • canton de Dannemarie
  • canton de Delle, transféré dans le département du Territoire de Belfort en 1871
  • canton d'Eguisheim qui disparait, englobé dans le canton de Wintzenheim
  • canton d'Ensisheim
  • canton de Fontaine, transféré dans le département du Territoire de Belfort en 1871
  • canton de Giromagny, transféré dans le département du Territoire de Belfort en 1871
  • canton de Habsheim
  • canton de Hirsingue
  • canton de Horbourg, devenu ensuite le canton d'Andolsheim
  • canton de Huningue
  • canton de Landser, devenu ensuite le canton de Sierentz
  • canton de Lutterbach, devenu ensuite le canton de Wittenheim
  • canton de Sainte-Marie-aux-Mines
  • canton de Masevaux
  • canton de Munster
  • canton de Neuf-Brisach
  • canton de Ferrette
  • canton de Ribeauvillé
  • canton de Riquewihr, fusionné avec le canton d'Ammerschwihr dans le nouveau canton de Kaysersberg
  • canton de Rouffach
  • canton de Saint-Amarin
  • canton de Sainte-Croix-aux-Mines qui disparait, englobé dans le canton de Sainte-Marie-aux-Mines
  • canton de Lapoutroie
  • canton de Cernay
  • canton de Soultz
  • canton de Thann
  • canton de Turckheim, devenu ensuite le canton de Wintzenheim

En 2015, fusion des cantons dont voici la liste :

Canton d'Altkirch
 Canton de Guebwiller Canton de Rixheim
Canton de Brunstatt Canton de Kingersheim Canton de Saint-Louis (Haut-Rhin)
Canton de Cernay Canton de Masevaux Canton de Sainte-Marie-aux-Mines
Canton de Colmar-1 Canton de Mulhouse-1 Canton de Wintzenheim
Canton de Colmar-2 Canton de Mulhouse-2 Canton de Wittenheim
Canton d'Ensisheim Canton de Mulhouse-3